Unter biologischer Kontamination von Lebensmitteln versteht man das Vorhandensein von Mikroorganismen (Bakterien, Viren, Prionen) oder deren Toxinen oder komplexeren Organismen (wie Pilze, Platyhelminthen, Nematoden, Protozoen) in Lebensmitteln. Hierbei werden drei Formen unterschieden:

• Primärkontamination: Lebensmittel werden an der Quelle kontaminiert.
• Sekundäre Kontamination: Lebensmittel werden bei der Verarbeitung oder beim Transport kontaminiert.
• Kreuzkontamination: Der Erreger wird über Geräte und/oder Person von einem Lebensmittel auf ein anderes übertragen.

Das Vorhandensein von saprophytischen Mikroorganismen aus der Umwelt (die sich von organischen Stoffen ernähren) oder von Mikroorganismen aus der menschlichen Umgebung (die gewöhnlich auf der Oberfläche der Haut und der Schleimhäute leben, ohne Schaden anzurichten) in Lebensmitteln ist akzeptabel, es sei denn, sie sind die Ursache von Abbauprozessen/Verderb, die zu ihrer Veränderung führen. Das Vorhandensein von pathogenen Mikroorganismen, die beim Verbraucher Krankheiten verursachen, ist dagegen nicht akzeptabel.